SARS-CoV-2 (PCR)

Erfaringen vi har i dag, forutsatt god prøvetaking, tilsier at PCR på materiale fra nasofarynx/dyp neseprøve eller hals er gode metoder i tidlig fase av covid-19, men at sensitiviteten synker etter en drøy uke, det vil si i den fasen flere pasienter opplever en forverring og må innlegges på sykehus. I denne fasen vil prøver fra nedre luftveier og/eller serologi være gode supplementer.

Positivt svar er forenlig med infeksjon med SARS-CoV-2.

Ved positivt resultat på SARS-CoV-2 er det aktuelt å undersøke for SARS-CoV-2-varianter som har klinisk betydning på grunn av mulig økt smittsomhet, alvorligere sykdom og/eller redusert vaksine respons og derfor bør overvåkes. For epidemiologisk oversikt sendes 25 % av positive prøver til FHI for variantanalyse og helgenom sekvensering.

Ulike varianter av SARS-CoV-2:

1. Alfa-varianten B.1.1.7. (501Y.V1 «Britisk variant»). Mutasjonen N501Y gir endringer i reseptor-bindende domene i spike glykoproteinet med mulig økt smittsomhet og mulig alvorligere sykdom enn villtypen (Wuhan-varianten). Alfa-varianten er endret fra VOC (Variant of Concern) til VOI (Variant of Interest) av av ECDC og WHO.

2. Beta-variant B.1.351 («Syd-afrikansk variant») er definert som bekymringsvariant (VOC). Tre mutasjoner (N501Y, K417N, E484K) i reseptor-bindende domene i spike glykoproteinet som mulig økt smittsomhet og mulig redusert vaksine respons.

3. Delta-variant B.1.617.2 («indisk variant») er definert som bekymringsvariant (VOC). Omfatter også variantene B.1.617.1 og B.1.617.3. Delta-varianten har en rekke mutasjoner og delesjoner i S-proteinet og gir alvorligere sykdom og smitter lettere enn alfa-varianten. Vaksinasjon med mRNA-vaksine gir høy beskyttelse mot alvorlig sykdom forårsaket av delta-varianten både etter én og to doser, men beskytter mindre mot sykdom.

4. Omikron-variant B.1.1.529 er definert som bekymringsvariant (VOC). Første gang påvist i november 2021. Omikron spredte seg raskt i Europa og resten av verden, også blant vaksinerte. Omikron-varianten har 5 undervarianter BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 og BA.5. BA.2 har blitt påvist i økende grad i Danmark og Norge og smitter lettere enn den opprinnelige Omikron. Undersøkelser tyder på at BA.2 (VOC) har økt smittsomhet og at vaksine beskytter dårligere mot reinfeksjon enn for det opprinnelige Wuhan viruset. BA.2 gir færre sykehusinnleggelser og sjeldnere utvikling av alvorlig sykdom BA.5 (VOC) er en variant av omikron som siden januar 2022 har blitt dominerende i hele verden, inkludert i Norge. BA.5 er en variant med stor spredningsevne og evne til å unngå immunitet. Omikron BA.2.75 (VOI) oppsto i mai 2022 og ser ut til å spre seg i store deler av verden.

Hurtigtester (antigen tester) har lavere spesifisitet og sensitivitet enn PCR tester. Rapporter tyder på at hurtigtestene er dårligere til å påvise omikron-varianten enn delta-varianten.

5. En annen aktuell variant er Gamma-varianten P.1 («Brasiliansk variant») som har 17 aminosyre forandringer hvorav 10 i spike glykoproteinet med mulig økt smittsomhet og mulig redusert vaksine respons.

Ved vurdering av smittsomhet må analyseresultatet samordnes med kliniske opplysninger og evt. andre funn. Påvisning av SARS-CoV-2 ved PCR i sykdomsforløpet kan ikke knyttes til smittsomhet. PCR kan forbli positiv lenge etter at infeksjon er overstått, på grunn av langvarig utskillelse av resterende viralt RNA fra døde virus. Det er komplisert å dyrke virus (påvise «levende» virus), og denne metodikken er ikke etablert i rutinen i Norge. Flere gode studier viser at mengde virus i luftveiene reduseres raskt etter symptomstart. Pasienter med mild til moderat sykdom skiller ikke lenger ut replikerende (“aktivt”) virus etter at det har gått 10 dager fra symptomstart og er således ikke lenger smitteførende. Krav om symptomfrihet (bortsett fra feberfrihet) tillegges ikke vekt, da svært mange vil ha restsymptomer som varer over tid. Mange pasienter vil ha vedvarende symptomer også etter den smitteførende fasen, slik som tap av/endret smak- og luktesans, dyspnoe, hoste, nedsatt almenntilstand og myalgier. Hos alvorlig syke og/eller alvorlig immunsupprimerte, foreligger det mindre dokumentasjon, men man har hos noen få klart å finne replikerende virus opp til 20 dager etter symptomstart.

Dersom en person får luftveissymptomer etter avisolering, og det er tatt en ny PCR som er positiv, kan man ikke si at dette er et tilbakefall av covid-19. I slike situasjoner er det viktig å vurdere om det kan være andre årsaker til pasientens symptomer. Dersom annen årsak ikke påvises, bør det vurderes om det kan foreligge en mutant av viruset, og FHI bør kontaktes. For personer med normalt immunsystem kan man, basert på studier, gå ut fra at symptomene skyldes noe annet. Personer med alvorlig immunsvikt vil kunne bruke lang tid på å bekjempe infeksjonen.

Ved positivt testresultatet hos en asymptomatisk person som ikke er nærkontakt og ved lavt smittetrykk i samfunnet, bør man reteste. En ny test vil øke den positive prediktive verdi betydelig.

Ved negativt testresultatet og sterk klinisk mistanke om covid-19, bør man reteste.

For siste oppdateringer angående smittevernregler vises til FHI sine nettsider.